היתרונות של זיקוק מולקולרי במסלול קצר הם משמעותיים ומעשיים מאוד עבור לקוחות פוטנציאליים. ראשית, הוא מציע עיבוד עדין ששומר על התכונות הטבעיות של המוצר, ומבטיח תוצאה סופית באיכות גבוהה. שנית, בשל הטמפרטורות הנמוכות שבהן משתמשים, הוא מושלם עבור חומרים רגישים לחום שעשויים להינזק בשיטות זיקוק מסורתיות. שלישית, מדובר בתהליך חסכוני באנרגיה שמפחית את עלויות התפעול, מה שהופך אותו לפתרון כלכלי בר קיימא. בנוסף, זמן העיבוד הקצר יותר בהשוואה לשיטות מסורתיות משמעותו שיעורי ייצור מוגברים, ועיצוב המודולרי מאפשר גמישות קלה והתאמה לצרכי ייצור שונים. יתרונות אלה מתורגמים לתהליך זיקוק יעיל, חסכוני ואמין יותר עבור הלקוחות.